Установить SSL-сертификат на сервер с ПО Keitaro проще всего по следующей инструкции. Она позволит выпустить и установить бесплатный SSL Let's Encrypt, который будет автоматически продлеваться каждые три месяца.
kctl-enable-ssl -D mydomain.ru
Сертификат будет выпущен и установлен.